Rasvjetljavanje evolucije satelitnih DNA visokoprotočnim analizama satelitoma srodnih vrsta

Opis projekta
Uzastopno ponovljene sekvence DNA, poznate kao satelitne DNA (satDNA), najčešće smještene u heterokromatinskim regijama, čine značajne dijelove eukariotskih genoma. Desetljećima je biološka važnost satDNA bila osporavana prvenstveno zbog njihove nekodirajuće prirode, ali u novije vrijeme otkriva se značajna uloga satDNA u strukturi centromera, remodeliranju kromatina, specijacijskim procesima, kao i u tumorogenezi. Zbog uzastopne ponovljenosti ove sekvence DNA mahom su izostavljene u genomskim projektima. U posljednjih nekoliko godina, visokoprotočno sekvenciranje i pripadajući specijalizirani računalni alati stubokom mijenjaju studije satDNA, omogućavajući otkrivanje ukupnog sadržaja satDNA u genomu, nazvanog satelitom. Glavni cilj našeg projekta je istražiti satelitome dviju skupina beskralješnjaka: (i) kukaca roda Tribolium, čije genome karakteriziraju iznimno bogate satDNA smještene u velikim heterokromatinskim domenama te (ii) školjkaša, za koje je poznato da imaju nizak udio satDNA te kromosome bez velikih heterokromatinskih blokova. U svrhu istraživanja satelitoma osam vrsta, kombinirajući Illumina i PacBio sekvenciranje s različitim eksperimentalnim metodama, proučit ćemo: (i) vrsno-specifične i grupno-specifične satDNA, (ii) dinamiku i kromosomsku distribuciju satDNA sekvenci, (iii) organizacijske obrasce satDNA sljedova, (iv) postojanje i očuvanost potencijalno funkcionalnih motiva u sekvencama satDNA, (v) sličnosti i povezanost satDNA s mobilnim elementima. Očekujemo da ćemo sveobuhvatnim istraživanjem satelitoma dviju različitih skupina beskralješnjaka i usporednom analizom dobivenih podataka unaprijediti trenutne spoznaje o strukturi i evoluciji satDNA, uključujući životni ciklus, porijeklo i sudbinu, kao i moguće mehanizme nastanka i širenja uzastopnih ponavljanja te razjasniti veze između satDNA i mobilnih elemenata.

Akronim
EvoSat

Šifra projekta
IP-2019-04-5522

Poziv
2019-04

Vrsta projekta
Znanstveno-istraživački

Vrsta financiranja
Kompetitivno projektno financiranje

Financijer
HRZZ - Hrvatska zaklada za znanost

Detalji financiranja
 IP - Istraživački projekti

Ukupan iznos financiranja projekta
999.100,00 HRK

Trajanje projekta
15-03-2020 - 14-03-2024

Ustanova - uloga
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb - Nositelj (999.100,00 HRK) [15-03-2020 - 14-03-2024]

Osoba - Ustanova - uloga [pocetak - zavrsetak]
Brankica Mravinac (MBZ: 235804, CROSBI: 17459) - Institut "Ruđer Bošković", Zagreb - Voditelj projekta [15-03-2020 - 14-03-2024]
Miroslav Plohl (MBZ: 37683, CROSBI: 7119) - Institut "Ruđer Bošković", Zagreb - Suradnik [15-03-2020 - 14-03-2024]
Eva Šatović (MBZ: 295724, CROSBI: 23819) - Institut "Ruđer Bošković", Zagreb - Suradnik [15-03-2020 - 14-03-2024]
Tanja Vojvoda Zeljko (MBZ: 303780, CROSBI: 24360) - Institut "Ruđer Bošković", Zagreb - Suradnik [15-03-2020 - 14-03-2024]
Monika Tunjić Cvitanić (MBZ: 368310, CROSBI: 34836) - Institut "Ruđer Bošković", Zagreb - Suradnik [15-03-2020 - 14-03-2024]
Tena Gržan (MBZ: 360320, CROSBI: 33991) - nema - Suradnik [15-03-2020 - 14-03-2024]
Juan J. Pasantes (MBZ: , CROSBI: ) - nema - Suradnik [15-03-2020 - 14-03-2024]
Daniel Garcia Souto (MBZ: , CROSBI: ) - nema - Suradnik [15-03-2020 - 14-03-2024]