Centromerna genomika beskralježnjaka

Opis projekta
Centromera je domena esencijalna za razdvajanje kromosoma u staničnim diobama. Razumijevanje centromerne strukture i funkcije od velikog je značaja u biologiji, a značajno je i s biomedicinskog stajališta. Funkcionalne centromere obilježene su centromerno specifičnim proteinom sličnim histonu H3 (CenH3). Centromerni identitet određuju i genomski i epigenetički mehanizmi, koji podstiču brzu koevoluciju i vrsnu specifičnost proteina CenH3 i njemu pridruženih sekvenci DNA bez narušavanja centromerne funkcije. Složenost i varijabilnost centromernog područja uzrok su još uvijek fragmentalne percepcije centromerne genomike, koja je razrađena samo na nekoliko biljnih i životinjskih modelnih organizama. Sekvencirani genomi modelnih organizama beskralješnjacima s različitom konstitucijom centromernih regija nedavno su postali dostupni. Kornjaši roda Tribolium imaju centromere uklopljene duboko u pericentromerni heterokromatin bogat satelitnim DNA, oblići korijenovih kvržica roda Meloidogyne imaju holocentrične kromosome, dok školjkaš Crassostrea gigas ima nejednoliku razdiobu satelitnih DNA u centromerama. Glavni cilj ovog projektnog prijedloga je identificirati CenH3 i njima pridružene sekvence DNA, kao i njihove nefunkcionalne varijante kako bi se istražila genomika različito organiziranih centromera. Nadalje, biti će ispitani organizacijski i evolucijski obrasci proteina CenH3 i centromernih sekvenci DNA. Strategija istraživanja kombinira identifikaciju CenH3, kromatinsku imunoprecipitaciju (ChIP) s antitijelima na CenH3, fluorescencijsku hibridizaciju in situ (FISH), imunofuorescencijsku lokalizaciju in situ (IF) i bioinformatičke metode. Takav integrativni pristup će ponuditi informacije o ovim funkcionalno značajnim dijelovima koji najčešće nedostaju u sekvenciranim genomima i unaprijediti naše razumijevanje sinergije i koevolucije centromernih sekvenci DNA i proteinskih komponenata.

Akronim
CENGEN

Šifra projekta
IP-2014-09-3183

Poziv
2014-09

Vrsta projekta
Znanstveno-istraživački

Vrsta financiranja
Kompetitivno projektno financiranje

Financijer
HRZZ - Hrvatska zaklada za znanost

Detalji financiranja
 IP - Istraživački projekti

Ukupan iznos financiranja projekta
997.000,00 HRK

Trajanje projekta
2015-10-01 - 2019-01-10

Ustanova - uloga
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb - Nositelj (997.000,00 HRK)

Osoba - Ustanova - uloga [pocetak - zavrsetak]
Miroslav Plohl (MBZ: 3986, CROSBI: 19186) - Institut "Ruđer Bošković", Zagreb - Voditelj projekta [2015-10-01 - 2019-01-10]